iTunes から iBooks.app に変更になったはずなのに。
同期ができなくなったので調べました。
調べて見たら似たような症状の人が多い。

数日やってみたら成功したので備忘として残します。

最初のチェック

・Appleアカウント
すべてのデバイスで上記の同期設定をオンにしたことを確認します。
すべてのデバイスの iBooks Store で同じ Apple ID を使っていることを確認します。

Re: iBooksに同期できない

まずはアップルのサポートに行って調べてみました。
iBooks for Mac への新規追加時に
ドラッグ&ドロップで登録してはいけないらしいので
追加で試した。

ファイルメニューからライブラリを追加します。

私の環境ではダメでした。

pdfの同期は違うらしい。

これを試したら成功しました。

1.iTunesにiPhoneを接続

2.上のiPhoneのマークをクリック!

3.左サイドバーのBookをクリック!
※自分のデバイス上ではない

4.右にあるブック
「すべてのブック」にチェックを入れるか「「選択をしたブック」にチェックを入れる。
当然選択したブックはチェックを入れないと同期できない。